Насколько правомерны действия командования?

И ещё, действует ли закон о предоставлении отпуска с учетом желания военнослужащего, при нахождении жены в отпуске по беременности и родам?

 Нет, такой нормы в законодательстве о военной службе нет.

Если он служит в ВС РФ, то ему следует знать, что в силу Приказа МО РФ № 660 от 2015 года

Командир (начальник) воинской части:

а) за шесть месяцев до достижения военнослужащим предельного возраста пребывания на военной службе или окончания соответствующего контракта:

уточняет у военнослужащего вопрос заключения им нового контракта, учитывая наличие необходимой выслуги лет для назначения пенсии за выслугу лет, состояние здоровья, обеспеченность жилым помещением по установленным нормам;

обеспечивает направление личного дела военнослужащего, подлежащего увольнению, в соответствующий орган, уполномоченный осуществлять подсчет выслуги лет на пенсию;

направляет военнослужащего (по его желанию) на медицинское освидетельствование в соответствующую военно-врачебную комиссию (далее — ВВК);

предоставляет военнослужащему ежегодный основной отпуск и дополнительные (если таковые имеются) отпуска соответствующей продолжительности, а также дополнительные сутки отдыха за исполнение обязанностей военной службы в рабочие дни сверх установленной продолжительности еженедельного служебного времени (привлечение к исполнению обязанностей военной службы в выходные и праздничные дни) с расчетом их завершения ко времени издания приказа по личному составу об увольнении военнослужащего с военной службы;
б) организовывает за четыре месяца до достижения военнослужащим предельного возраста пребывания на военной службе или окончания соответствующего контракта проведение аттестации военнослужащего;
в) за три месяца до достижения военнослужащим предельного возраста пребывания на военной службе или окончания соответствующего контракта:

доводит до военнослужащего принятое решение о его дальнейшем служебном предназначении;

проводит беседу с военнослужащим о предстоящем увольнении с военной службы с привлечением при необходимости представителей кадрового органа и юридической службы.

Поэтому ему надо рапортом требовать проведения с ним указанных мероприятий