На что можно сослаться в этом случае?

Здравствуйте, Наталья!
В соответствии с п.5 ст.214.10 НК РФ:

При исчислении в соответствии с пунктом 3 настоящей статьи налога в отношении доходов, полученных от продажи недвижимого имущества, находившегося в общей совместной собственности, сумма полученного каждым из участников совместной собственности дохода определяется для всех участников совместной собственности в равных долях.

Таким образом, если Вы сами не предоставите декларацию о доходах, налоговая будет делить их 50/50 между Вами и Вашим супругом.
Однако, согласно ст. 248 ГК РФ:

Плоды, продукция и доходы от использования имущества, находящегося в долевой собственности, поступают в состав общего имущества и распределяются между участниками долевой собственности соразмерно их долям, если иное не предусмотрено соглашением между ними.

Следовательно, Ваш с мужем необходимо заключить соглашение о разделе дохода 100/0, которое должно быть зарегистрировано в Росреестре.
Либо информация о разделе дохода должна быть указана в самом договоре купли-продажи квартиры.

если продана квартира в совместной собственности менее трёх лет, то можно ли подать декларацию только одному супругу, с указанием всей суммы дохода? На что можно сослаться в этом случае?

 Наталья, добрый день! Если собственность была именно совместная то да, доход от продажи такой недвижимости может быть полностью отражен в налоговой декларации одного из супругов. К декларации достаточно приложить соглашение между супругами о распределении полученного дохода, в простой письменной форме, нигде регистрировать его не требуется