Что делать в такой ситуации и что будет?

Если квартира была получена Вами (независимо от способа: купля-продажа, дарение и т.п.) до 1 января 2016 года, то минимальный предельный срок владения 3 года. Платить налог и подавать декларацию не надо.

Если квартира была подарена (не от близкого родственника) или получена по наследству или по договору пожизненного содержания с иждивением, то минимальный предельный срок владения 3 года. Платить налог и подавать декларацию не надо.

Если квартира была куплена или получена по иной возмездной сделке, то минимальный предельный срок владения 5 лет. Нужно подать декларацию и заплатить налог. Исключение: если на момент продажи квартиры, это было Ваше единственное жилье, то минимальный предельный срок владения 3 года. Тогда платить налог и подавать декларацию не надо. 

Непредставление налоговой декларации влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов не уплаченной в установленный законодательством о налогах и сборах срок суммы налога (страховых взносов), подлежащей уплате (доплате) на основании этой декларации (расчета по страховым взносам), за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 1 000 рублей. (ч. 1 ст. 119 НК РФ).

Если квартира была подарена (не от близкого родственника) или получена по наследству или по договору пожизненного содержания с иждивением, то минимальный предельный срок владения 3 года. Платить налог и подавать декларацию не надо.

Опечатка. Если квартира была подарена близким родственником, то минимальный предельный срок владения 3 года. Если подарена не близким родственником, то 5 лет. 

Если ещё один нюанс. Минимальный предельный срок владения вообще не имеет значение, подавать декларацию, платить не надо в следующем случае (ч. 2.1. ст. 217.1 НК РФ):

2.1. Доход от продажи объекта недвижимого имущества в виде комнаты, квартиры, жилого дома, части квартиры, части жилого дома (далее в настоящем пункте — жилое помещение) или доли в праве собственности на жилое помещение освобождается от налогообложения независимо от срока нахождения в собственности налогоплательщика продаваемого жилого помещения или доли в праве собственности на жилое помещение, если одновременно соблюдаются следующие условия:

 
налогоплательщик и (или) его супруг (супруга) являются родителями (усыновителями) не менее двух детей, не достигших возраста 18 лет (24 лет, если дети являются обучающимися по очной форме обучения в организациях, осуществляющих образовательную деятельность), или налогоплательщик является одним из указанных детей. Возраст детей для целей настоящего пункта определяется на дату государственной регистрации перехода права собственности от налогоплательщика к покупателю на проданное жилое помещение или долю в праве собственности на жилое помещение;

 
в календарном году, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности от налогоплательщика к покупателю на проданное жилое помещение или долю в праве собственности на жилое помещение, либо не позднее 30 апреля следующего календарного года налогоплательщиком (членами его семьи, указанными в абзаце втором настоящего пункта) на основании договора купли-продажи (договора мены) приобретено иное жилое помещение или доля в праве собственности на жилое помещение и осуществлена государственная регистрация перехода права собственности от продавца к налогоплательщику (членам его семьи, указанным в абзаце втором настоящего пункта) на приобретаемое жилое помещение (долю в праве собственности на жилое помещение) или осуществлена полная оплата стоимости приобретаемого налогоплательщиком (членами его семьи, указанными в абзаце втором настоящего пункта) жилого помещения или доли в праве собственности на жилое помещение в соответствии с договором участия в долевом строительстве (договором инвестирования долевого строительства или другим договором, связанным с долевым строительством), договором об участии в жилищно-строительном кооперативе, в которой для указанных целей не учитывается дополнительная оплата в связи с увеличением площади указанного жилого помещения после ввода в эксплуатацию соответствующего объекта строительства;

 
общая площадь приобретенного жилого помещения (общая площадь жилого помещения, указанная в полностью оплаченном договоре участия в долевом строительстве (договоре инвестирования долевого строительства или другом договоре, связанном с долевым строительством), договоре об участии в жилищно-строительном кооперативе) или его кадастровая стоимость, определяемые с учетом совокупного размера долей налогоплательщика и членов его семьи, указанных в абзаце втором настоящего пункта, превышает соответственно общую площадь в проданном жилом помещении или его кадастровую стоимость, определяемые с учетом совокупного размера долей налогоплательщика и членов его семьи, указанных в абзаце втором настоящего пункта;

 
кадастровая стоимость проданного жилого помещения независимо от размера продаваемой доли налогоплательщика в соответствующем праве собственности не превышает 50 миллионов рублей (если кадастровая стоимость может быть определена);

 
налогоплательщику, его супругу (супруге), его детям (в том числе усыновленным), не достигшим возраста 18 лет, его родителям (если налогоплательщик является лицом, не достигшим возраста, указанного в абзаце втором настоящего пункта) на дату государственной регистрации перехода права собственности от налогоплательщика к покупателю на проданное жилое помещение или долю в праве собственности на жилое помещение не принадлежит в совокупности более 50 процентов в праве собственности на иное жилое помещение с общей площадью, превышающей общую площадь в приобретенном жилом помещении, независимо от размера приобретаемой доли налогоплательщика в соответствующем праве собственности.