Здравствуйте!
1) Предположим, есть приказ о приеме на работу, а в табеле учета рабочего времени стоят отметки о присутствии на работе (хотя, их надо проверить).
Вместе с тем, он должен был уплачивать за нее взносы во внебюджетные фонды — ФСС, ПФ, НДФЛ — в бюджет. Это также можно проверить. Но это палка о двух концах: если взносы и НДФЛ не уплачивались, значит на юрлице недоимка и ее могут взыскать со штрафами, впрочем, в случае неуплаты за одного работника они будут небольшими.
Свидетельские показания также имеют вес в процессе доказывания рассматриваемого обстоятельства.
2) Такие действия возможно образуют состав преступления, предусмотренный ст. 201 УК РФ — использование лицом, выполняющим управленческие функции в коммерческой или иной организации, своих полномочий вопреки законным интересам этой организации и в целях извлечения выгод и преимуществ для себя или других лиц либо нанесения вреда другим лицам, если это деяние повлекло причинение существенного вреда правам и законным интересам граждан или организаций либо охраняемым законом интересам общества или государства.
Возможно — потому, не известно, сколько выплачено денег со счета юрлица такому работнику, причинен ли существенный вред интересам фирмы. Существенность вреда — термин оценочный, определяется на усмотрение суда.
Кроме того, здесь есть и ст. 327 УК РФ — подделка удостоверения или иного официального документа, предоставляющего права или освобождающего от обязанностей, в целях его использования.
Табель учета рабочего времени — официальный документ, утвержденный Постановлением Госкомстата РФ от 05.01.2004 N 1
«Об утверждении унифицированных форм первичной учетной документации по учету труда и его оплаты». Но тут надо учесть, что по преступлениям небольшой тяжести, к которым относится этот состав срок давности привлечения к уголовной ответственности — 2 года (ст. 78 УК РФ). И его надо исчислять с момента внесения последней записи в табель учета рабочего времени.
После привлечения к уголовной ответственности можно взыскивать материальный ущерб, причиненный юрлицу.
Пример: http://docs.pravo.ru/document/view/19384242/17529493/