Анулировать отцовство не биологического отца, и вптсать биологического отца в графу отец, с чего начать?

Согласно ст. 52 СК РФ 

 Запись родителей в книге записей рождений может быть оспорена только в судебном порядке по требованию лица, записанного в качестве отца или матери ребенка, либо лица, фактически являющегося отцом или матерью ребенка, а также самого ребенка по достижении им совершеннолетия, опекуна (попечителя) ребенка, опекуна родителя, признанного судом недееспособным.

По общему правилу, иск предъявляется в районный суд

по месту жительства ответчика

(ст. 24, 28 ГПК РФ). В исковом заявлении нужно привести доказательства, с достоверностью подтверждающие происхождение ребенка.

В судебном порядке ставите вопрос об оспаривании одного мужчины и установлении отцовства другого. 

Если биологический отец не против установления отцовства то после решения суда об оспаривании отцовства можете с ним просто пойти в ЗАГС.