И какой вариант продажи такого имущества максимально выгодный для всех сторон?

Здравствуйте, Евгения.

Не вижу такого риска, поскольку применение организацией УСН в принципе исключает возможность начисление НДФЛ, исходя из п.2 ст.346.11 НК РФ.

не ведет деятельность и никак не отчитывается в ФНС более 5лет

 Указанные обстоятельства не являются основаниями для прекращения применения УСН, исходя из положений ст.346.13 НК РФ. Это может быть основанием для исключения АО из ЕГРЮЛ по инициативе налогового органа в соответствии со ст.21.1 ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» от 08.08.2001 N 129-ФЗ. Но 

а) у Вас имеется возможность проверить факт исключения на сайте ФНС.

б) переход права в этом случае просто не может быть осуществлен, так как сделка не будет считаться заключенной.

И какой вариант продажи такого имущества максимально выгодный для всех сторон?

 Применение УСН и предполагает самую низкую ставку налога.

Подробное обсуждение вопроса, алгоритм действий при подготовке к сделке возможны при Вашем обращении к юристу в чат

Здравствуйте.

На самом деле Вы смешиваете два обстоятельства — прибыль (выручка) общества как отдельного налогоплательщика и и доход физического лица. Не совсем понятно причем тут НДФЛ 13%, если речь идет об имуществе, которое принадлежит обществу.

Другое дело, что указанная Вами ситуация может привести к исключению общества из ЕГРЮЛ, поскольку при наличии одновременно двух факторов — общество в течение 12 последних месяцев не предоставляла какой-либо отчетности по налогам и сборам и не производила никаких расчетов хотя бы по одному из банковских счетов.
Чтобы компания или ИП попали в список на исключение из ЕГРЮЛ (ЕГРИП) должны выполняться оба условия одновременно (п. 2 ст. 21.1 Федерального закона о регистрации юридических лиц).

И это существенно осложнит процедуру реализации имущества. 

Что касается продажи при сохранении общества в ЕГРЮЛ, то продажа повлечет за собой необходимость уплаты налога в размере 6% от всей полученной по договору суммы. Больше никаких налогов нет.