Подскажите пожалуйста, если я работаю по ГПХ, но у меня есть ИП, налоги которые перечисляет работодатель идут в счет налогов за ИП?

Здравствуйте.

Если Вы работаете до договору ГПХ как гражданин (физическое лицо), то рабодатель с Вашего вознаграждения уплачивает НДФЛ, страховые взносы, а также предоставляет отчётность. При этом предпринимательскую деятельность Вы ведёте отдельно от договора ГПХ, соответственно исчисляется и уплачиваете налоги самостоятельно. 

Заказчик не обязан платить НДФЛ и взносы, если исполнителем является ИП или самозанятый. ИП платят налоги и страховые взносы по выбранной системе налогообложения.

То есть Вы самостоятельно исчисляется и уплачиваете налоги по ИП. А вот для заказчика есть разница как заключить с Вами договор ГПХ: как с гражданином или как с ИП.