Как лучше построить работу по агентскому соглашению с точки зрения бухгалтерии?

1. Можем ли мы сделать два юридических лица, так как некоторые заказчики не хотят работать с УСН без НДС. Один будет на УСН, второе на ОСНО. Лимиты УСН суммарно по двум юрлицам мы превышать не планируем. Не интерпретирует ли это налоговая как дробление бизнеса?

 Здравстуйте. Вы можете сами оценить вероятность попасть под пристальное внимание налоговиков по части вероятного дробления бизнеса если ознакомитесь с 17 признаками, которые указывают для ФНС, что есть вероятность получения налоговой выгоды посредством указанного действия. Они содержатся в Письме ФНС от 29 декабря 2018 г. N ЕД-4-2/25984.

Изложение его Вы можете прочитать вот тут.

Учитывая это сказать точно можно только в случае полного анализа схемы Вашей работы.

2. Будут ли сложности, если по агентскому договору наше юрлицо будет работать исключительно на УСН, а принципал и заказчик будут на ОСНО? Какие ньюансы здесь есть?

 Агент, применяющий УСН, не начисляет на сумму вознаграждения НДС, не выставляет принципалу счет-фактуру по оказанным им в рамках агентского договора услугам. Однако если он все-таки сделает это, у него возникает обязанность представить декларацию по НДС и уплатить исчисленный налог (п. 5 ст. 173 НК РФ). При этом у него не возникает права на вычет по произведенным расходам, т. к. он не является плательщиком НДС (п. 5 постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 № 33).

3. Как лучше построить работу по агентскому соглашению с точки зрения бухгалтерии?

 Собственно не совсем ясно что значит как лучше. Необходимо вести бухгалтерию правильно, и лицо, отвечающее в ООО за указанное направление работы должно это знать. Можете ознакомиться с принципами работы агента и приныипала, если они на разных системах налогообложения, но это лишь общие сведения. Именно главный бухгалтер отвечает за правильность работы и именно он и должен действовать в соответствии с правилами бухучета в ООО.