Подскажите, если 2 собственника продают свои доли в одном договоре, сумма каждой из долей по 1 млн, налог в данном случае вычитается с общей суммы договора?

Здравствуйте!

Для каждого продавца налог считается отдельно. При этом, если владели долями менее 3-5 лет, возникает обязанность по налогу. 

Размер налога можно уменьшить, применив имущественный налоговый вычет, когда налог считается только с суммы сверх 1.000.000 руб., но так как вас двое, для каждого налог будет считаться с суммы сверх 500.000 руб.

Если доли покупали, для уменьшения размера налога можно зачесть расходы на покупку.