Как быть, если клиент воспользуется услугой, но сделает возврат товара (коробки)?

По факту это коробка с кодом внутри.

 В данном случае одной передачи коробки недостаточно, необходимо разработать договор, из содержания которого следует, что Вы продаете не услугу по проведению курса, а только услугу по фактическому доступа к нему, без последующего его сопровождения.

Указанная информация о том, что предметом услуги является получение фактического доступа, должна быть размещена в качестве информации доводимой до сведения покупателя в месте реализации услуга, чтобы он имел возможности ознакомиться с данной информацией.

Требования предварительного уведомления о содержании представляемой услуги, основано на ст. 10 Закона РФ «О защите прав потребителей», предполагающей реализацию права потребителя на получение информации об исполнителе и оказываемой им услуге.

В том случае, если момент исполнения обязательства у Вас определен фактическим доступом к курсу — то с указанного момента договор считается исполненным.

Согласно ст. 408 ГК РФ надлежащее исполнение прекращает обязательство.

В этом случае с момента получения доступа к курсу договор будет считаться исполненным и покупатель не сможет воспользоваться ст. 32 Закона РФ «О защите прав потребителей» об отказе от исполнения договора.

В таком случае нужно учитывать разъяснения приведенные в пункте 12 Постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации от 22 ноября 2016 г. № 54 «О некоторых вопросах применения общих положений Гражданского кодекса Российской Федерации об обязательствах и их исполнении» в котором разъяснено, что

если односторонний отказ от исполнения обязательства или одностороннее изменение его условий совершены тогда, когда это не предусмотрено законом, иным правовым актом или соглашением сторон или не соблюдены требования к их совершению,то по общему правилу такой односторонний отказ от исполнения обязательства или одностороннее изменение его условий не влекут юридических последствий, на которые они были направлены.

Подобной позиции придерживается и судебная практика

https://1kas.sudrf.ru/modules.php?name=sud_delo&srv_num=1&name_op=doc&number=11799271&delo_id=2800001&new=2800001&text_number=1

В частности, отмечено, что 

Суд апелляционной инстанции, соглашаясь с выводом суда первой инстанции, исходил из того, что программа курса и входящие в него информационные материалы были указаны в приложении № 1 к договору, с которым истец согласился, включая условия к требованию и содержанию программы курса; доказательств несоответствия программы курса условиям истцом не представлено; согласно договору услуги считаются оказанными с момента предоставления доступа к обучающим и информационным материалам; поскольку односторонний отказ от исполнения обязательства совершен заказчиком после выполнения исполнителем обязанности по договору, такой отказ не влечет юридических последствий, на которые он был направлен.

В таком случае, Вы минимизируете риски безосновательного отказа от услуги.

И потребитель сможет отказаться от курса или оспаривая соответствующие договорные положения или по причинам оказания услуги с нарушением требований к ее качеству.