Если он в начале года напишет рапорт на отпуск за счёт дополнительных суток, без использования основного отпуска, положено ли ему ВПД к месту проведения отпуска?

Если речь о Приказ МО № 695 ДСП, то он устанавливает перечень должностей, нахождение на которых дает право на увеличение оснвоаного отпуска.

В соответствии со ст. 11 Закона  о статусе военнослужащих № 76-фз

Военнослужащим, проходящим военную службу по контракту в районах Крайнего Севера, приравненных к ним местностях и других местностях с неблагоприятными климатическими или экологическими условиями, в том числе отдаленных, а также на воинских должностях, исполнение обязанностей военной службы на которых связано с повышенной опасностью для жизни и здоровья,продолжительность основного отпуска увеличивается на срок до 15 суток или предоставляются дополнительные сутки отдыха в соответствии с нормами, устанавливаемыми Положением о порядке прохождения военной службы

Поэтому это не дополнительные сутки а часть основного отпуска и следовательно, если есть право на ВПД, то военнослужащий вправе их использовать, при убытии в эту часть отпуска