Здравствуйте.
Минфин РФ уже высказался по данному вопросу в Письме Минфина России от 05.10.2022 N 03-11-11/96246 (Вопрос: Об учете доходов и расходов при применении НПД).
Ведомство отметило, что согласно части 1 статьи 14 Федерального закона от 27.11.2018 N 422-ФЗ «О проведении эксперимента по установлению специального налогового режима „Налог на профессиональный доход“ (далее соответственно — Федеральный закон, НПД) при произведении расчетов, связанных с получением доходов от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав), являющихся объектом налогообложения, налогоплательщик НПД обязан с использованием мобильного приложения „Мой налог“ и (или) через уполномоченного оператора электронной площадки и (или) уполномоченную кредитную организацию передать сведения о произведенных расчетах в налоговый орган, сформировать чек и обеспечить его передачу покупателю (заказчику), если иное не предусмотрено Федеральным законом.
При этом частью 1 статьи 6 Федерального закона предусмотрено, что объектом налогообложения НПД признаются доходы от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав).
В свою очередь, налоговой базой по НПД признается денежное выражение дохода, полученного налогоплательщиком НПД от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав), являющегося объектом налогообложения НПД (пункт 1 статьи 8 Федерального закона).
Таким образом, в рамках специального налогового режима НПД при определении налоговой базы учитывается вся сумма полученного дохода,включая доходы, направленные на покрытие расходов.
При этом расходы, понесенные налогоплательщиком НПД, при определении налогооблагаемой базы по НПД не учитываются.
Таким образом, Вы должны выдать чек на сумму поступившую в качестве компенсации ваших расходов на проезд.
Или задуматься о том, чтобы признать отношения трудовыми и „все пересчитать“...