Могут ли возникнуть проблемы при оформлении купли-продажи, так как деньги переданы до подписания договора?

Здравствуйте! Если в договоре купли-продажи прямо укажите в пункте о порядке оплаты по договору — что установленная сумма цены договора купли-продажи, которая установлена в соответствии с таким то пунктом, была оплачена покупателем определенного числа  указанием порядка оплаты ( которая уже состоялась), и укажите также в договоре о том, что, если в оговоренный срок переход права собственности не будет зарегистрирован, то в течении оговоренного срока Вы обязуетесь произвести возврат уплаченной суммы покупателю то проблем быть не должно. Главное все указать в договоре. Госпошлина уплачивается за каждый объект недвижимости ( дом и земля). Договор можно составить один на дом и землю. 

Эта сумма внесения как-то была оформлена (  в виде задатка, например)?

Если Вам нужна подробная консультация Вы можете написать мне в чат.
Хорошего дня!