Нет ли никаких ограничений на данный период времени, если комиссия еще не состоялась?

Михаил, добрый день.

хотя налог по декларации высчитывается как 0.13*(5100-3650)(цена покупки).

 У налогового органа нет оснований для применения вычета в размере документально подтвержденных расходов на его приобретение, так как согласно п.4 ст.229 ГК РФ такие вычеты применяются только путем указания о них в налоговой декларации. Иного НК РФ не предусматривает.

Он может только при отсутствии Вашей декларации применить фиксированный вычет в размере 1 млн рублей (пп.1 п.2 ст.220 НК РФ, абз.3 п.3 ст.214.10 НК РФ). Поэтому, представляется, что сумма вменяемой недоимки в любом случае посчитана неверно.

Декларацию с указанием вычета в размере документально подтвержденных расходов Вы вправе подать и сейчас. В этом случае, сумма налога, которая будет подлежать уплате, составляет 188,5 тыс. рублей. При наличии права на иные налоговые вычеты (например, при приобретении), можете применять также и их.

Сейчас пришло уведомление, что состоится комиссия по этому всему деянию, хотелось бы узнать: есть ли возможность еще переписать долю и остаться без имущества, до его ареста (1/4 квартиры)?

 Наверное не комиссия, а рассмотрение материалов налоговой проверки см.ст.101 НК РФ. При этом, согласно п.8 ст.101 НК РФ

В решении о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения указывается размер выявленной недоимки, а также подлежащий уплате штраф.

Ответственность за совершение налогового правонарушения предусмотрена  ст.119 НК РФ, налоговый орган имущество не арестовывает, не уполномочен это делать. Вы вправе на правах собственника распорядиться долей в квартире по своему усмотрению (ст.209 НК РФ), в том числе продать, подарить и т.д.

До рассмотрения материалов проверки Вы подаете декларацию, уплачиваете налог, а также подаете ходатайство о снижении санкций в связи с наличием смячающих обстоятельств (см.п.1 ст.112 НК РФ, п.3 ст.114 НК РФ)