Могу ли я оформить ещё один академический отпуск с сохранением отсрочки от военного призыва, но уже в магистратуре?

В бакалавриате брал 1 академический отпуск на 1 год. Если возьму ещё один, то будет 2 года академического отпуска.

 У Вас будет 1 академический отпуск по программе магистратура.

Отпуск полученный при обучении по программе бакалавриата на отсрочку в Вашем случае не влияет и во внимание приниматься не должен.

2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:
а) обучающиеся по очной форме обучения в:
программам бакалавриата
программам магистратуры,

Исходя из данной нормы следует — что отсрочка предоставляется по двум самостоятельным основаниям — а следовательно, в равной мере по каждому из них действует общее правило сохранения отсрочки от призыва отдельно при обучении по каждой образовательной программе. 

Смущает, что в законе сказано: «Право на отсрочку… сохраняется ..., если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка… для обучения в данной образовательной организации ..., не увеличивается или увеличивается не более чем на один год»,

 Это касается отдельно каждой программы обучения.

При первом академическом отпуске речь шла об увеличении продолжительности по программе бакалавриата.

Во втором — по программе магистратуры.

В бакалавриате брал 1 академический отпуск на 1 год. Если возьму ещё один, то будет 2 года академического отпуска.

 Это не так.

Статья 24 Федерального закона от 28.03.1998 N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»

установила, что

Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином:
получившим во время освоения образовательной программы академический отпуск

Право на отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином по основаниям, предусмотренным настоящим абзацем, только при условии, если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации или в образовательной организации, из которой осуществлен перевод, не увеличивается или увеличивается не более чем на один год.

А образовательных программ у вас 2.

Бакалаврит- одна отсрочка и 1 отпуск.

Магистратура- новая и другая программа и это новая отсрочка и новый отпуск. Но только либо чтобы срок обучения не увеличивался или увеличивался не более чем на 1 год.

То есть 1 академ отпуск вполне взять можно.

Право на отсрочку… сохраняется ..., если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка… для обучения в данной образовательной организации ..., не увеличивается или увеличивается не более чем на один год», потому что данное правило говорит об общем сроке отсрочки в данной образовательной организации

 все верно

1 отсрочка- точнее каждая отсрочка.

И общий срок смотрят как раз по 1 отсрочке- 1 основанию. У вас же это 2 отсрочки и 2 разных основания.