Здравствуйте, Артем!
Вы никого не можете «выписать», снятие с регистрационного учета производится уполномоченными органами при наличии оснований. В вашей ситуации нужно либо добровольное волеизъявление зарегистрированного лица (для детей до 14 лет — его законного представителя), либо судебное решение о признании гражданина утратившим право пользования жилым помещением.
Поскольку опекун не хочет менять место жительства опекаемого (и имеет на это право, и даже обязана защищать жилищные права несовершеннолетнего опекаемого), Вы как собственник вправе обратиться в суд для признания сестры утратившей право пользования жилым помещением.
Как мне представляется, суд, как минимум, сохранит за вашей сестрой право пользования квартирой до 18 лет, учитывая, что она лишена родительского попечения, особенно, если у нее нет в собственности иного жилья.
Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете задать их мне в рамках индивидуальной платной консультации в чате (стоимость и время консультации согласовываются там же).