Приказом главного врача направлен на работу терапевтом в краевую военно-врачебную комиссию

В приказе Вы указали что согласны?

Да, прикрепите приказ и Ваш Трудовой договор

Каким-то образом можно отказаться от этой «командировки»?

По общему правилу, согласия работника на направление его в командировку не требуется.

Но нельзя направлять в командировку работника, если ему это противопоказано в соответствии с медицинским заключением, а также в следующих случаях:

Согласно ст. 259 ТК РФ:

Направление в служебные командировки, привлечение к сверхурочной работе, работе в ночное время, выходные и нерабочие праздничные дни женщин, имеющих детей в возрасте до трех лет, допускаются только с их письменного согласия и при условии, что это не запрещено им в соответствии с медицинским заключением, выданным в порядке, установленном федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации. При этом женщины, имеющие детей в возрасте до трех лет, должны быть ознакомлены в письменной форме со своим правом отказаться от направления в служебную командировку, привлечения к сверхурочной работе, работе в ночное время, выходные и нерабочие праздничные дни.

Гарантии, предусмотренные частью второй настоящей статьи (смотрите выше), предоставляются также работникам, имеющим детей-инвалидов, работникам, осуществляющим уход за больными членами их семей в соответствии с медицинским заключением, выданным в порядке, установленном федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, матерям и отцам, воспитывающим без супруга (супруги) детей в возрасте до четырнадцати лет, опекунам детей указанного возраста, родителю, имеющему ребенка в возрасте до четырнадцати лет, в случае, если другой родитель работает вахтовым методом, призван на военную службу по мобилизации или проходит военную службу по контракту, заключенному в соответствии с пунктом 7 статьи 38 Федерального закона от 28 марта 1998 года N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», либо заключил контракт о добровольном содействии в выполнении задач, возложенных на Вооруженные Силы Российской Федерации, а также работникам, имеющим трех и более детей в возрасте до восемнадцати лет, в период до достижения младшим из детей возраста четырнадцати лет.

Если Вы подходите под одну из категорий, указанных в приведенной выше статьей, то вправе отказаться от командировки.

Если не подходите, то, к сожалению, отказаться от этой командировки нельзя.

Насколько я понимаю, специальная социальная выплата осуществлялась Вам на основании подпункта «б» пункта 2 постановления Правительства РФ от 31.12.2022 г. № 2568:

б) врачи, к которым обращаются (которых посещают) граждане по поводу заболеваний (состояний) или с профилактической целью, включая проведение исследований, работающие в медицинских организациях, оказывающих первичную медико-санитарную помощь по территориально-участковому принципу прикрепленному населению, а также осуществляющие диспансерное наблюдение граждан по основному заболеванию (состоянию);

Если так, то в командировке Вы, казалось бы, будете выполнять иную работу. Хотя, откровенно говоря, я бы более подробно исследовал эту тему, потому что практики применения этого постановления Правительства РФ в настоящее время ещё практически нет. Что называется, «кто в лес, кто по дрова», в разных регионах (более того, в разных учреждениях одного региона) встречается прямо противоположная практика.