Это дополнительное соглашение нужно где то регистрировать и как донести его до налоговой?

Здравствуйте, Михаил. Данный вопрос логичнее решать в претензионном порядке, согласно ст. 475 ГК РФ:

Если недостатки товара не были оговорены продавцом, покупатель, которому передан товар ненадлежащего качества, вправе по своему выбору потребовать от продавца соразмерного уменьшения покупной цены.

Покупатель пишет претензию, требует соразмерного уменьшения цены, Вы в ответе — соглашаетесь на это и возвращаете деньги, желательно безналичным расчетом.

В этом случае у Вас на руках будет фактически сложившееся урегулирование ситуации по причине продажи Вами некачественного товара, а также доказательство урегулирования спора — возврата части денег, обратите внимание — соразмерного. Соответственно, и для налоговой, если понадобится, доносите полный пакет документов, о котором я писал выше.

Это дополнительное соглашение нужно где то регистрировать и как донести его до налоговой?

Михаил, добрый день! Да, заключение такого соглашения  с у четом принципа свободы договора ( ст. 421 ГК РФ) возможно. Где либо его регистрировать не требуется.  При этом уменьшение фактического дохода от продажи авто путем изменения цены договора в связи с выявленными дефектами является основанием для уменьшения налогооблагаемого дохода от продажи авто. Поскольку Вы как налоговый НЕрезидент РФ не вправе ни воспользоваться налоговым вычетом при продаже имущества ни учесть вместо него расходы на покупку авто, в декларации за 2023 год нужно указать фактический доход с учетом уменьшенной цены договора приложив копию допсоглашения.