Выписали из квартиры, в это время я отбывал наказание в местах заключения

Если вынесен приговор с лишением свободы на срок более 3 лет, осужденный вправе выписаться из квартиры добровольно, либо его родственники инициируют судебное разбирательство с целью снятия с регистрационного учета длительно отсутствующего человека. Способы, как выписать из квартиры осужденного, сроки и необходимые документы определяются, исходя из наличия или отсутствия согласия на выписку отсутствующего человека.

Если осужденный опасается за свою дальнейшую прописку и не желает идти навстречу остальным жильцам, принудительная выписка возможна только если осужденный не собственник жилья и есть веские причины для обращения в суд. Если человек утрачивает выписку, это вовсе не означает, что он лишается собственности. После освобождения осужденный сможет быстро восстановить регистрацию 

Если Вас снимали с регистрационного учета в судебном порядке, то возможно восстановить сроки и обжаловать решение суда.

Если нет, то просто со справкой об освобождении обратитесь в паспортный стол.