Как правильно это следует делать

До того момента пока контракт не подписан и не вступил в силу — она вправе отказаться от него.

По общему правилу, установленному ст. 5 Положения о порядке прохождения военной службы для целей заключения контракта гражданин предоставляет определенный комплект документов

3. Вместе с заявлением гражданин (иностранный гражданин) предъявляет
а) заполненную по установленной форме и подписанную анкету поступающего на военную службу по контракту;
б) собственноручно написанную автобиографию;
в) заверенную в установленном порядке копию трудовой книжки и (или) сведения о трудовой деятельности, оформленные в установленном законодательством Российской Федерации порядке;
г) заверенные в установленном порядке копии документов, подтверждающих уровень образования;

и ряд иных

Указанные документы подлежат рассмотрению вместе с поданным заявлением (рапортом). После его рассмотрения при принятии положительного решения дается указание:

о проведении медицинского освидетельствования кандидата;
о проведении с ним мероприятий по профессиональному психологическому отбору;
о проверке соответствия уровня его образования, квалификации и физической подготовки требованиям, установленным для поступающих на военную службу по контракту, 

а также проведении иных мероприятий, направленных на установление соответствия кандидата требованиям (по состоянию здоровья, уровню образования, подготовки и т.п.) к лицам, поступающим на военную службу по контракту.

Только после прохождения всех указанных мероприятий принимается решение о заключении контракта о прохождении военной службы.

Согласно ст. 4 Положения о порядке прохождения военной службы

8. Контракт вступает в силу со дня его подписания должностным лицом, определенным настоящим Положением, о чем издается соответствующий приказ.

До этого момента кандидат имеет право в любое время подать заявление о том, что отказывается заключать контракт.

Поскольку, как понимаю девушка только подала рапорт (заявление) и со стороны должностных лиц Министерства обороны РФ с ней контракт еще не подписан — она может подать заявление в военкомат о том, что отказывается от ранее поданного заявления о заключении контракта и просит его не рассматривать.

На этом основании контракт с ней заключен не будет.

И тут нужно учитывать, что в силу ст. 32 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» он заключается на основании принципа добровольности.

Отзыв ранее поданного заявления о заключении контракта до момента его вступления в силу и предполагает отсутствие данного принципа, а следовательно исключает возможность его заключения. 

Это был не сам контракт, а только заявление. Отказ принят

 В таком случае, больше ей переживать не за что.