Главный вопрос, что делать и как отпиваться за доход, которые происходил без этого договора?

Здравствуйте, уважаемый Клиент!               

В данном случае, с правовой точки зрения конечно наиболее оптимальный и правильный вариант это кончено заключение агентского договора с водителями (ст. 1005 ГК РФ), сейчас по такой схеме работают уже все партнеры агрегаторов Яндекс такси/Убер/Гетт и т.д.

Тот есть по этому вопросу всегда есть  только один ответ— налоги Вы платите только с суммы своего агентского вознаграждения, налоги за водителей не платите (они сами должны подать 3 НДФЛ и оплатить налог 13% с дохода, но это уже Вас не касается).

В этой связи Вам главное, чтобы у Вас была грамотно выстроена схема документооборота и перечисления денег водителям, все документы были в порядке и соответствовали закону и тогда в этой части никаких проблем у Вас не будет.

А систему налогообложения нужно подбирать. Просчитать какие у вас будут и доходы и расходы, рассчитать налоги. И от этого определить, что вам будет более выгоднее. Но скорее всего это УСН 6%.

Таким образом, с юридической точки зрения, то что ИФНС требует списания налога со всех сумм которые они выводили, это неправомерно, поскольку это возможно только с сумм вознаграждения.

В противном случае, Вы вправе обжаловать документы или действия (бездействие) налогового органа, если они нарушают Ваши права (ст.137 НК РФ).

Жалоба подается в вышестоящий налоговый орган, но через налоговый орган чьи документы, действия или бездействия обжалуются. То есть жалоба направляется в адрес налогового органа документы, действия или бездействие, которого обжалуются и именно он направит ее в вышестоящий налоговый орган (п.1 ст.139 НК РФ). Либо в судебном порядке. 

Всего доброго Вам! 

Рад был помочь, уважаемый Клиент!