Работник работает вахтовым методом на основной работе и внутренним совместителем в один день выплачивать надбавку как за один календарный день или по двум специальностям

Здравствуйте, ляшок!

Для работы по совместительству (не путать с совмещением!), даже внутреннему, должен заключаться отдельный трудовой договор. Соответственно, по каждому трудовому договору заработная плата начисляется отдельно.

Ст. 287 ТК РФ определяет, какие гарантии и компенсации не предоставляются совместителям (предоставляются только по основному месту работы). Вахтовая надбавка к ним не относится, значит, начислять надо. 

Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете задать их мне в рамках индивидуальной платной консультации в чате (стоимость и время консультации согласовываются там же).