В чем тогда заключается льгота, упомянутая выше - для налоговых агентов ставка 15% применяется к каждой налоговой базе отдельно (п. 3 ст. 2 Федерального закона от 23.11.2020 № 372-ФЗ)

а период действия льготы, с заработной паты налог в 15 % я не плачу, а вот с 6 млн.р. необходимо заплатить добавку в 2% с 6 млн.- 5 млн.р. * 2% = 20 000 р. Представитель налоговой в частной беседе говорит, что я не прав и надо платить 2% доп.налога с разницы всего моего дохода и 5 млн.р.

 Добрый день! Это не льгота, а технический момент не влияющий в целом на размер налоговых обязательств. Особенности расчета налога касаются только налоговых агентов, но не изменяют в целом порядок расчета, что разъяснено, например в  

Письме Минфина России от 13.01.2023 N 03-04-06/1543

 
Таким образом, при получении налогоплательщиком доходов по итогам налогового периода в совокупной сумме, превышающей 5 миллионов рублей за налоговый период, и при условии, что общая сумма налога, исчисленная налоговым органом в порядке, установленном статьей 225 Кодекса, превышает совокупность суммы налога, в том числе исчисленной налоговым агентом, уплата соответствующей суммы налога производится налогоплательщиком на основании направленного налоговым органом налогового уведомления не позднее 1 декабря года, следующего за истекшим налоговым периодом.

т.е. налоговые агенты при исчислении налогового ориентируются на ч. 3 ст. 2 Федерального закона № 372-ФЗ рассчитывают налог по каждой налоговой базе отдельно, затем сведения направляются в налоговый орган и уже он если совокупный доход налогоплательщика в налоговом периоде превышает 5 млн. направляют уведомление о необходимости доплатить налог с учетом ставки 15% по сумме, превышающей 5 млн. 

Здравствуйте.

Общая сумма налоговых обязательств не зависит о того, кто является налоговым агентом и какие выплаты являются основанием для исчисления и уплаты НДФЛ.

В соответствии с Письмом Минфина России от 13.01.2023 N 03-04-06/1543

 В этой связи исчисление налога на доходы физических лиц с применением соответствующих налоговых ставок отдельно к каждой налоговой базе по доходам, полученным в 2021 — 2023 годах, предусмотрено только для налоговых агентов.
Таким образом, при получении налогоплательщиком доходов по итогам налогового периода в совокупной сумме, превышающей 5 миллионов рублей за налоговый период, и при условии, что общая сумма налога, исчисленная налоговым органом в порядке, установленном статьей 225 Кодекса, превышает совокупность суммы налога, в том числе исчисленной налоговым агентом, уплата соответствующей суммы налога производится налогоплательщиком на основании направленного налоговым органом налогового уведомления не позднее 1 декабря года, следующего за истекшим налоговым периодом.

То есть как видите, речь идет именно о совокупной сумме, вне зависимости от источника или
вида выплаты. Анаогичные письма Минфин издавал и ранее,, например, от 29 декабря 2022 г. N 03-04-06/129709.

Здравствуйте Юрий 

Насколько я понимаю ваш совокупный доход составляет 10 млн рублей. 

В большинстве случаев НДФЛ с доходов удерживает налоговый агент при их выплате: ваш работодатель или брокер по ценным бумагам.
Но если вы получаете доходы от нескольких налоговых агентов, то может получиться так, что каждый из них за год выплатит вам меньше 5 млн руб., но общая сумма дохода от всех источников за минусом вычетов превысит эту сумму. Тогда с превышения по итогам 2021 г. инспекция пересчитает вам НДФЛ по ставке 15%.

Т.е инспекция сложит все ваши доходы и начислит 15 % в доходах превышающих 5 млн. 

Так возьмём ваш случай вы получили 10 млн с 5 млн вы заплатите 13 %  с других 5 вы заплатите 15 % т.е налоги составят 650000+ 750 000= 1400000

( если нет каких либо оснований для доп вычетов)

Кроме того, согласно пункту 6 статьи 228 Кодекса уплата налога осуществляется не позднее 1 декабря года, следующего за истекшим налоговым периодом, на основании направленного налоговым органом налогового уведомления об уплате налога налогоплательщиками, для которых выполнено условие:
общая сумма налога, исчисленная налоговым органом в порядке, установленном статьей 225 настоящего Кодекса, превышает совокупность суммы налога, исчисленной налоговыми агентами, суммы налога, исчисленной налогоплательщиками исходя из налоговой декларации, в отношении доходов налогоплательщика, дата получения которых относится к соответствующему налоговому периоду, и суммы налога, исчисленной налоговым органом с доходов в виде процентов, полученных по вкладам (остаткам на счетах) в банках, находящихся на территории Российской Федерации, а также доходов в виде выигрышей, полученных от участия в азартных играх, проводимых в казино и залах игровых автоматов.
Таким образом, в отношении доходов, относящихся к разным налоговым базам, полученных физическими лицами в 2021 или 2022 году, в том числе от налоговых агентов, налог с которых был исчислен ими отдельно по каждой налоговой базе в соответствии пунктом 3 статьи 2 Федерального закона N 372-ФЗ, доплата налога должна быть произведена на основании налогового уведомления.

данная позиция была изложена в письме мин фина от 26 сентября 2022 г. N БС-4-11/12746@ + письмо 
от 1 декабря 2020 г. N БС-4-11/19702@ ( прилагаю)

Юрий надеюсь смог вам помочь

С уважением Давидьянц А.Г.