Здравствуйте, Евгений.
В Вашем случае судебная практика однозначная.
При наличии сроков поставки отдельных партий товара, товар должен быть поставлен в сроки поставки конкретной партии, хоть и в пределах конечного срока поставки.
Согласно ст. 506 ГК РФ, по договору поставки поставщик-продавец, осуществляющий предпринимательскую деятельность, обязуется передать в обусловленныйсрок или сроки производимые или закупаемые им товары покупателю для использования в предпринимательской деятельности или в иных целях, не связанных с личным, семейным, домашним и иным подобным использованием.
При заключения договора поставки, стороны свободны в определении условий договора, в том числе относительно срока или сроков поставки.
Таким образом, при заключении договора, вы согласовали сроки поставки как всей продукции, так и ее партий, в связи с чем, требование о взыскании неустойки за нарушения сроков поставки партий товаров является обоснованным.
Однако, вы не лишаетесь возможности произвести контррасчет неустойки, если покупатель обратиться в суд за взысканием задолженности. Как верно, указали коллеги, возможно уменьшить размер неустойки путем ссылки на отсутствие ответственности за нарушение сроков поставки отдельных партий товара. Кроме того, необходимо также ознакомиться с расчетом неустойки, предъявленным покупателем, так как возможно в нем также имеются нарушения.
Кроме того, если покупатель обратится в суд, вы вправе ходатайствовать об уменьшении неустойки по правилам ст. 333 ГК РФ.
Если подлежащая уплате неустойка явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства, суд вправе уменьшить неустойку. Если обязательство нарушено лицом, осуществляющим предпринимательскую деятельность, суд вправе уменьшить неустойку при условии заявления должника о таком уменьшении.
Более подробно ознакомиться здесь:
https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_195783/d4e7f2093f945443893cf5c7a37a22097786a433/
Постановление Пленума ВАС РФ от 22.12.2011 N 81 «О некоторых вопросах применения статьи 333 Гражданского кодекса Российской Федерации»
Несмотря на то, что ставка неустойки в размере 0,1% является обычно взыскиваемой при аналогичных обязательствах, имеется возможность ее уменьшения до двухкратной ставки рефинансирования ЦБ РФ.
Постановление Пленума ВАС РФ от 22.12.2011 N 81 «О некоторых вопросах применения статьи 333 Гражданского кодекса Российской Федерации»
Разрешая вопрос о соразмерности неустойки последствиям нарушения денежного обязательства и с этой целью определяя величину, достаточную для компенсации потерь кредитора, суды могут исходить из двукратной учетной ставки (ставок) Банка России, существовавшей в период такого нарушения. Вместе с тем для обоснования иной величины неустойки, соразмерной последствиям нарушения обязательства, каждая из сторон вправе представить доказательства того, что средний размер платы по краткосрочным кредитам на пополнение оборотных средств, выдаваемым кредитными организациями субъектам предпринимательской деятельности в месте нахождения должника в период нарушения обязательства, выше или ниже двукратной учетной ставки Банка России, существовавшей в тот же период. Снижение судом неустойки ниже определенного таким образом размера допускается в исключительных случаях, при этом присужденная денежная сумма не может быть меньше той, которая была бы начислена на сумму долга исходя из однократной учетной ставки Банка России.
Желательно, конечно, видеть как буквально сформулированы условия о сроках и пени. Если можете — приложите договор