В этом случае срок владения считается не со дня смерти наследодателя, а с того момента, когда изначально было

Письмо Министерства финансов действующее. Всё так и осталось. У вас просто увеличилась доля собственности в этой квартире. 

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО
от 24 октября 2013 г. N 03-04-05/45015

Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел обращение по вопросу уплаты налога на доходы физических лиц и в соответствии со ст. 34.2 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) разъясняет следующее.
На основании п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более.
В соответствии со ст. 235 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее — Гражданский кодекс) изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
Учитывая изложенное, если квартира находилась в собственности налогоплательщика (независимо от изменения размера его долей в праве собственности на квартиру) более трех лет, то доходы от продажи этой квартиры не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.

Заместитель директора
Департамента налоговой
и таможенно-тарифной политики
Н.А.КОМОВА

Если доля квартиры получена в наследство одним дольщиком после смерти другого.

 Добрый день!

 Если по наследству доля в общем имуществе перешла долевому сособственнику именно этого же недвижимого имущества, то срок владения  исчисляется с момента возникновения право собственности на  первую долю в этом имуществе

 Так, согласно письму Минфина РФ от 24 октября 2013 № 03-04-05/45015

На основании п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более.
В соответствии со ст. 235 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее — Гражданский кодекс) изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
Учитывая изложенное, если квартира находилась в собственности налогоплательщика (независимо от изменения размера его долей в праве собственности на квартиру) более трех лет, то доходы от продажи этой квартиры не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.

 Далее продолжу.

Добрый день, Алексей! Все верно, срок владения считается с момента регистрации права собственности на долю принадлежащую сособственнику-наследнику, а не с момента смерти наследодателя.

Также в соответствии с более «свежим» Письмом ФНС России от 27.07.2023 N БС-4-11/9597@ «О направлении письма Минфина России» (вместе с <Письмом> Минфина России от 25.07.2023 N 03-04-07/69247)

…по мнению Департамента, минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества для целей налогообложения, в случае приобретения объекта недвижимого имущества в собственность долями по разным основаниям, определяется исходя из условий первичного возникновения права общей долевой собственности на такой объект недвижимого имущества.