Вопрос: законно ли это, и куда писать жалобу/заявление?

Здравствуйте.

Нет, это не законно. С учётом требований по охране и безопасности труда, статья 212 Трудового кодекса РФ, при введении режима чрезвычайной ситуации работодатель обязан обеспечить безопасность работников и приостановить работы, представляющие опасность для их жизни и здоровью.

Писать жалобу можно в прокуратуру.

Прокуратура — орган, осуществляющий надзор за исполнением законов, в том числе трудового законодательства.

      Добрый день, Никита! Нет, это незаконно. Работники обязаны незамедлительно извещать своего руководителя о любой ситуации, угрожающей жизни, здоровью людей, о каждом несчастном случае, произошедшем на производстве, или об ухудшении состояния своего здоровья (ст. 214 ТК РФ). В случае невозможности явиться на работу в связи с чрезвычайными ситуациями (например, в связи с затоплением) работник должен всеми доступными ему средствами оповестить об этом работодателя.
      На время действия режима ЧС работодатель обязан оформить работнику вынужденный простой с сохранением не менее 2/3 среднего заработка. При отказе сделать это Вам нужно жаловаться в трудовую инспекцию и прокуратуру. 
       В случае, если Вам требуется более подробная правовая консультация по Вашему вопросу или правовая помощь в составлении документов, пишите в личный чат.

      С уважением, кандидат юридических наук Алексей Валерьевич Колотилин