Здравствуйте!
Вам нужно было направить вначале уведомление о реконструкции в администрацию и получить уведомление о соответствии (ст.51.1 ГрК РФ), после чего приступать к реконструкции, если таковая действительно была.
И еще не факт, что у Вас это была реконструкция вообще, а не новое строительство.
Согласно ст.1 ГрК РФ
14) реконструкция объектов капитального строительства (за исключением линейных объектов) — изменение параметров объекта капитального строительства, его частей (высоты, количества этажей, площади, объема), в том числе надстройка, перестройка, расширение объекта капитального строительства, а также замена и (или) восстановление несущих строительных конструкций объекта капитального строительства, за исключением замены отдельных элементов таких конструкций на аналогичные или иные улучшающие показатели таких конструкций элементы и (или) восстановления указанных элементов;
Теперь при обращении в администрацию Вам скорее всего откажут.
В таком случае будут затруднения в оформлении нового двухэтажного строения.
Тем не менее у Вас останутся варианты оформить его в порядке так называемой «дачной амнистии» (ч.12 ст.70 Федерального закона «О государственной регистрации недвижимости» от 13.07.2015 N 218-ФЗ).
Либо же оформить через суд.ст.12 ГК РФ. Для этого нужно будет заказывать судебную экспертизу о том, что строительство осуществлено согласно всем нормам и правилам, не нарушает ничьих прав и законных интересов.ст.79 ГПК РФ.
Дополню. Также данные вопросы оформления нужно решать с банком, так как дом и земельный участок у Вас в ипотеке.