Где есть явные спорные моменты, или которые потом могут аукнуться соответственно тоже помечены и предложены варианты для корректировки исходя из принятых норм

По пункту 2.4 договор подлежит регистрации с роспатенте, это правильно так как статья 1028 гк требует такую регистрацию. Но вот кто будет подавать на регистрацию вам стоит уточнить в договоре и нести расходы за это.

По общему правилу согласно ст 1031 гк

2. Если договором коммерческой концессии не предусмотрено иное, правообладатель обязан:

обеспечить государственную регистрацию предоставления права использования в предпринимательской деятельности пользователя комплекса принадлежащих правообладателю исключительных прав по договору коммерческой концессии (пункт 2 статьи 1028);

Обратите внимание на п 2.14 — это бизнес и никаких гарантий успеха и заработка вам никто не даст.

3 раздел с сумами!!! Изучить очень внимательно.

По 3.3.2 вы будете оплачивать расходы на регистрацию договора, это нормально, но надо это иметь в виду. И роялти в 5% тоже в общем то дело обычное. Другое дело по п 3.3.3 они идут от оборота, а не прибыли, имейте в виду.

То есть в принципе всегда вы их должны. Ну и начальный взнос тоже оцените — паушальный платеж.

Обратите внимание на положения этого пункта:

5.10. Гарантировать Пользователю, эксклюзивное право на работу Кафе в радиусе 1500 (одна тысяча пятьсот) метров от месторасположения Кафе, утвержденного в рамках данного договора. 

Сомнительно, чтобы этого расстояния было достаточно для того, чтобы не конкурировать с другими концессионерами.

Это обязательство Правообладателя 

5.11. Обеспечить разовый поиск и обучение сотрудников на территории Пользователя

не раскрыто и непонятно.

Штрафы конечно просто гигантские.

Но учитывая, что договор это согласованные сторонами условия (421 ГК РФ), вряд ли Ваш предполагаемый контрагент пойдет на их сокращение.

Вопрос тут в принципе только один. Согласны ли Вы нести все предусмотренные данным договором расходы, включая договора с конкретными поставщиками, страхование по широкому кругу страховых случаев, паушалиный и иные взносы, маркетинговые платежи и т.д. Просчитывали ли Вы все эти расходы и уверены ли Вы в том, что они будут покрыты от Вашей операционной деятельности. Вот основной вопрос.

При этом договор действует 5 лет, а при досрочном расторжении при определенных условиях Вы должны будете выплатить немаленький штраф.

Если все эти условия Вас не пугают совет тут только один — внимательно фиксировать невыполнение Правообладателем каких-то условий договора, хотя бы тех, которые он на себя взял (немного, но хоть что-то) чтобы при необходимости была возможность представить доказательства того, что именно Правообладатель не выполнял свои обязательства.

Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией. 

Коллега, клиент просто решил не раскрывать размер паушального платежа, разумеется в итоговом варианте он будет установлен.

Что касается срока, то что значит 

не в вашу пользу:

 Если договор заключен, то оплата все равно должна произойти. И обычно оплату привязывают к самому факту заключения договора, т.е. требуют денег незамедлительно. Как раз установление семидневного срока с момента заключения договора это довольно щадящий вариант. 

Я дополню свой ответ:

не в вашу пользу:

Имеется ввиду, что согласно Федеральному закону от 21.07.2005 N 115-ФЗ «О концессионных соглашениях», статьи 7. «Плата по концессионному соглашению», установлено, что концессионным соглашением может предусматриваться плата, вносимая концессионером концеденту в период использования (эксплуатации) объекта концессионного соглашения.

Подробнее тут: docs.cntd.ru/document/901941331

Нормой установлено, что внесение концессионной платы может предусматриваться как в течение всего срока использования (эксплуатации) объекта концессионного соглашения, так и в течение отдельных периодов такого использования (эксплуатации).

В связи с чем,

срок не позднее семи календарных дней от даты подписания настоящего Договора.

может представляться менее как в течении всего срока использования (эксплуатации) объекта концессионного соглашения, установленного согласно Федеральному закону от 21.07.2005 N 115-ФЗ «О концессионных соглашениях», статьи 7. «Плата по концессионному соглашению».

Кроме того, согласно Федеральному закону от 21.07.2005 N 115-ФЗ «О концессионных соглашениях», статьи 7. «Плата по концессионному соглашению», ч. 2, установлено, что концессионная плата может быть установлена в форме установленной доли продукции или доходов, полученных концессионером в результате осуществления деятельности, предусмотренной концессионным соглашением.

В связи с чем, 

срок не позднее семи календарных дней от даты подписания настоящего Договора.

может быть явно меньше, если бы договором была предусмотрена концессионная плата в форме установленной доли продукции или доходов, полученных концессионером в результате осуществления деятельности, предусмотренной концессионным соглашением.