Однако он утверждает, что не может предоставить мне ученический отпуск, ссылаясь на то, что это невозможно сделать задним числом

Добрый день! Ваши права нарушаются! Обратитесь в Трудовую инспекцию

Если ответ был полезен, поставьте, пожалуйста, плюс

Для предоставления ученического отпуска работодателю необходимо предоставить справку-вызов и соответствующее заявление на отпуск. 

ТК РФ не устанавливает срок, в который указанные документы должны быть предоставлены работодателю.

Если работник не принес своевременно справку-вызов и заявление на ученический отпуск, работодатель может не успеть произвести оплату такого отпуска в предусмотренный 3-дневный срок до момента начала отпуска, но при этом отказать в предоставлении отпуска на этом основании он не вправе.

В соответствии с ч. 2 ст. 22 ТК РФ

Работодатель обязан соблюдать трудовое законодательство и иные нормативные правовые акты, содержащие нормы трудового права, локальные нормативные акты, условия коллективного договора, соглашений и трудовых договоров.

Согласно ч. 1 ст. 173 ТК РФ

работникам, направленным на обучение работодателем или поступившим самостоятельно на обучение по имеющим государственную аккредитацию программам бакалавриата, программам специалитета или программам магистратуры по заочной и очно-заочной формам обучения и успешно осваивающим эти программы, работодатель предоставляет дополнительные отпуска с сохранением среднего заработка.

В соответствии с ч. 4 ст. 177 ТК РФ справка-вызов дает право на предоставление гарантий и компенсаций работникам, совмещающим работу с получением образования.

Таким образом, работодатель обязан соблюдать положения ст.ст. 173, 177 ТК РФ и обязан предоставить работнику ученический отпуск на основании предоставленной справки-вызова.