Или как-то иначе всё это нужно сделать?

Действительно ли можно направить им оригинала этих документов, а потом написать письмо о том что считать их недействительными и выставить исправленную всю фактуру с нулевой стоимостью? Или как-то иначе всё это нужно сделать?

 Здравствуйте.

На самом деле во-первых, стоит посмотреть договор, поскольку в нме должно определяться каким образом производится закрытие услуг (ст. 421 ГК РФ). Во-вторых, надо понимать, в чем состоит ошибка. Если в размере платежа в соответствии с договором, то по логике необходимо довыставить сумму платежа. И наконец, в-третьих, что значит просите отозвать платеж? Ведь он на Вашем счете не может ничего сделать, это Вы можете вернуть его как ошибочно уплаченный.

Исходя из этого прошу пояснить подробнее обстоятельства, связанные с изложенной ситуацией. 

Здравствуйте, Артем!

Контрагенту был направлен по электронной почте акт оказанных услуг за хранение товара, а также счёт-фактуру. Контрагент произвел оплату услуг по этим копиям документов. Оригиналы документов мы ему не направляли...

 То обстоятельство, что не направляли оригиналы акта оказанных услуг и счета-фактуры, по большому счету значения не имеет.

Поскольку контрагент произвел оплату на основании данных документов, выставленных (направленных) в электронной форме, означает, что он согласился с их содержанием. То есть эта сделка (сделка по оплате за оказанные услуги) совершена — Вами направлена оферта, контрагентом сделан акцпет этой оферты.

В соответствии с п. 3 ст. 438 Гражданского кодекса РФ:

3. Совершение лицом, получившим оферту, в срок, установленный для ее акцепта, действий по выполнению указанных в ней условий договора (отгрузка товаров, предоставление услуг, выполнение работ, уплата соответствующей суммы и т.п.) считается акцептом, если иное не предусмотрено законом, иными правовыми актами или не указано в оферте.

сообщили, что документы выставлены ошибочно и что мы просим отозвать свой платеж. После этого мы выставили новые документы, акт и счёт-фактуру. Но так как сумма гораздо больше за услуги, контрагент отказался их подписать и ссылается на предыдущие копии документов, и просим прислать их оригиналы, так как в бухгалтерии уже операции совершены по ним...

 Насколько понимаю, Вами в первом акте оказанных услуг и счете-фактуре указана сумма меньше, чем в действительности должна была быть указана.

Полагаю, что в этом случае (как указал коллега выше, и я с ним согласен) не надо «перевыставлять» акт оказанных услуг и счет-фактуру на нужную сумму, а нужно просто выставить дополнительные документы на недостающую сумму.

И уж если тогда контрагент откажется производить оплату, то надо будет вести с ним претензионную (а далее, возможно, и судебную) работу по оплате этой недостающей суммы.

И тут всё будет зависеть от того, какие условия оказания услуг предусмотрены договором (вид, перечень, объем и цена услуги).