Здравствуйте, Артем!
Контрагенту был направлен по электронной почте акт оказанных услуг за хранение товара, а также счёт-фактуру. Контрагент произвел оплату услуг по этим копиям документов. Оригиналы документов мы ему не направляли...
То обстоятельство, что не направляли оригиналы акта оказанных услуг и счета-фактуры, по большому счету значения не имеет.
Поскольку контрагент произвел оплату на основании данных документов, выставленных (направленных) в электронной форме, означает, что он согласился с их содержанием. То есть эта сделка (сделка по оплате за оказанные услуги) совершена — Вами направлена оферта, контрагентом сделан акцпет этой оферты.
В соответствии с п. 3 ст. 438 Гражданского кодекса РФ:
3. Совершение лицом, получившим оферту, в срок, установленный для ее акцепта, действий по выполнению указанных в ней условий договора (отгрузка товаров, предоставление услуг, выполнение работ, уплата соответствующей суммы и т.п.) считается акцептом, если иное не предусмотрено законом, иными правовыми актами или не указано в оферте.
сообщили, что документы выставлены ошибочно и что мы просим отозвать свой платеж. После этого мы выставили новые документы, акт и счёт-фактуру. Но так как сумма гораздо больше за услуги, контрагент отказался их подписать и ссылается на предыдущие копии документов, и просим прислать их оригиналы, так как в бухгалтерии уже операции совершены по ним...
Насколько понимаю, Вами в первом акте оказанных услуг и счете-фактуре указана сумма меньше, чем в действительности должна была быть указана.
Полагаю, что в этом случае (как указал коллега выше, и я с ним согласен) не надо «перевыставлять» акт оказанных услуг и счет-фактуру на нужную сумму, а нужно просто выставить дополнительные документы на недостающую сумму.
И уж если тогда контрагент откажется производить оплату, то надо будет вести с ним претензионную (а далее, возможно, и судебную) работу по оплате этой недостающей суммы.
И тут всё будет зависеть от того, какие условия оказания услуг предусмотрены договором (вид, перечень, объем и цена услуги).