Может ли Университет для выплаты студентам стипендии закреплять в своих локальных правовых актах необходимость использовать один определенный банк, с которым у него заключен договор?

Добрый день, Сергей!
Для ответа на данный вопрос необходимо обратиться к разъяснениям Минобрнауки России:

На основании части 5 статьи 30.5 Федерального закона от 27 июня 2011 г. № 161-ФЗ «О национальной платёжной системе» (далее – Закон 161-ФЗ), кредитные организации при осуществлении операций с предусмотренными частями 5.5 и 5.6 статьи 30.5 Закона 161-ФЗ выплатами за счёт средств бюджетов бюджетной системы Российской Федерации (далее – выплаты) обязаны: предоставлять клиентам – физическим лицам только национальные платёжные инструменты в случае, если банковский счёт предусматривает осуществление операций с использованием платёжных карт.

Законодательно установлено требование к платёжной системе карты, на которую студент получает стипендию. Студент имеет право на выбор кредитной организации и условий обслуживания платёжной карты самостоятельно. При этом необходимым условием является получение стипендии на карту национальной платёжной системы в соответствии с Законом 161-ФЗ.

Соответственно, студент вправе выбирать непосредственно банк, но не платежную систему (она должна быть единой, а именно — «МИР»).
Если ответ был для вас полезным, оставьте положительный отзыв.