Здравствуйте мой парень находится на сво и мы подали заявление в ЗАГС его могут отпустить на роспись

Могут. В теории. Но обязанности такой у командира нет. Можно попытаться через рапорт попроситься в основной отпуск (или ветеранский) там же прописав, что отпуск необходим для регистрации брака. Приложите заявления в ЗАГС и подтверждение оплаченной гос.пошлины. Ну либо будущей супруге придется приезжать в один из новых регионов России и там регистрировать брак. Шансов, что военнослужащего отпустят в город (в увольнение) больше, чем то, что его отпустят в отпуск.

Статья 25 ФЗ №-143 от 15.11.1997 «Об актах гражданского состояния» говорит о том, что государственная регистрация заключения брака производится любым органом записи актов гражданского состояния на территории Российской Федерации по выбору лиц, вступающих в брак. 
Таким образом законом предусмотрена возможность регистрировать брак в любом органе ЗАГС, не зависимо от наличия либо отсутствия прописки.