Должны ли после переноса номера изменить номер телефона в договоре (так как, на момент процедуры по переносу номеру был временный номер)?

По теории, если условия договора меняются, то составляется дополнительное соглашение к договору. В вашем случае, отношения сложились следующие: Ваше заявление (оферта) на изменение номера тоже является частью изначального договора. Оператор исполнив ваше заявление (акцепт оферты) номер фактически поменял, а следовательно ваше заявление принял, соответственно условия договора поменял.

Добрый день. 

Идея с заменой паспорта и новым судебным процессом, конечно хороша — потраченное время, деньги, нервы. Да до такого издевательства над клиентами я ещё не додумался.

Паспорт у Вас на одну фамилию, решение суда на фамилию ему не соответствующую. Не стоит менять паспорт, просто обратитесь в суд с заявлением об исправлении ошибки в решении суда. Пошлиной подача данного заявления не облагается, да и происходит исправление быстрее, чем процесс по установлению юр.факта.