Могу ли я не выделять долю бывшей супруге, а как то выплатить

В соответствии с ч. 4 ст. 10 ФЗ от 29.12.2006 N 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»

Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению. 

Отказ от доли по мат.капиталу не предусмотрен, т.е. доли должны быть выделены всем членам семьи.

Минимальный размер долей — в размере стоимости мат.капитала, потраченного на строительство, разделенного на всех членов семьи в пропорции к общей стоимости дома (затрат на его строительство).

Уже после выделения долей по соглашению можно осуществить перераспределение долей.

Кроме того, учитывая, что дом строился в период брака, он считается общим совместным имуществом супругов на основании ст. 34 СК РФ, т.е. та часть дома, которая не будет распределена в рамках размера мат.капитала между членами семьи, будет являться общей совместной собственностью супругов и может также быть разделена между ними по соглашению в порядке ч. 2 ст. 38 СК РФ или по судебному решению по иску одного из бывших супругов.