Как это сделать, чтобы точно потом не дергали, а то неизвестно, куда пойдут эти деньги

Здравствуйте, Уважаемый пользователь сайта.

У работодателя есть право обратиться в суд по спорам о возмещении работником убытков в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба (ст. 392 ТК РФ).

Согласно, статье 238 ТК РФ работник обязан возместить работодателю причиненный ему прямой действительный ущерб, под которым понимается реальное уменьшение или ухудшение наличного имущества работодателя, а также необходимость для него произвести затраты либо излишние выплаты на приобретение, восстановление имущества либо на возмещение ущерба, причиненного работником третьим лицам. К прямому действительному ущербу могут быть отнесены, например, недостача денежных...

Но, могут быть обстоятельства, исключающие материальную ответственность работника в случаях возникновения ущерба вследствие непреодолимой силы, нормального хозяйственного риска (просроченный товар),  либо неисполнения работодателем обязанности по обеспечению надлежащих условий для хранения имущества (при сдачи материальных ценностей в конце рабочего работодателю, т.е. факт ежедневной отчетности должен фиксироваться), вверенного работнику. (ТК РФ Статья 239)

Таким образом, данный вопрос может быть урегулирован по соглашению сторон заключённым между сторонами в письменном виде, в соглашении Вы прописываете условия, которые исключают дальнейшие требования материального характера в том числе и в судебном порядке.

Доброго вам дня