Добрый день, Мария!
Все верно, в трудовом договоре указывается размер заработной платы до удержания налогов.
В соответствии с п. 1 ст. 226 НК РФ:
Российские организации, <…>, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в пункте 2 настоящей статьи, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со статьей 225 настоящего Кодекса с учетом особенностей, предусмотренных настоящей статьей.
В письме Минфина России от 01.10.2015 № 03-04-05/56206 подчеркивается, что определять порядок налогообложения доходов работников в трудовых договорах не обязательно.