Здравствуйте, квартиру приобрели в 2018, г

 Если это всё было в период брака, то  срок владения  имуществом для налогообложения будет исчисляться с момента регистрации права по первоначальному договору  на имя супруга, поскольку в силу ст. 34 Семейного Кодекса РФ на имущество, приобретенное в период брака, распространяется режим совместной собственности супругов, независимо от того, на чьё их супругов имя  было зарегистрировано право.

 Кроме того, согласно разъяснениям, данным в Письме Минфина РФ от 19 марта 2013 г. N 03-04-05/7-243:

Согласно ст. 235 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников и размера их долей не влечет для этих лиц прекращения права собственности на имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества и размера их долей предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
В связи с этим моментом возникновения права собственности у участника общей долевой собственности на квартиру является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников квартиры и долей в праве собственности на квартиру, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данную квартиру. В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартир и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более. Учитывая изложенное, поскольку право собственности на квартиру принадлежало налогоплательщикам (независимо от изменения состава собственников и размера долей в праве собственности на квартиру) более трех лет, то доходы, полученные налогоплательщиком от продажи квартиры, не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.

Сейчас налоговая начислила налог на долю супруги с продажи.

 Налог начислен неправомерно, и вы вправе его оспорить. Представьте в ИФНС документы, подтверждающие указанные выше обстоятельства, и объяснения со ссылкой на перечисленные выше нормативные акты.