Здравствуйте.
Для начала стоит отметить что проблема действительно есть. С 2025 года плательщики УСН, которые не подходят под освобождение, должны платить НДС. В Вашем случае, как я понял, работы выполнены в 2024 году.
В этом случае, если Вы не были плательщиком НДС в 2024 году, значит с отгрузки того периода НДС начислять не нужно. Точно также и если дебиторская задолженность по выполненным работам не была погашена в 2024 году, а оплата по ней поступила только в 2025, она не увеличивает налоговую базу по НДС. Указанная позиция выражена Минфином в письме от 03.10.2024 № 03-07-11/95799.
Что же касается неподписания форм и возникшим в связи с этим вопросом по истребованию оплаты, то это зависит от причин неподписания. Если они необоснованно неподписаны, Вам придется взыскаивать задолженность в судебном порядке.
Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией.
Что касается НДС, то если Вы не платили НДС в 2024 году, то с отгрузки того периода НДС Вам начислять не требуется..