Все будет зависеть от того, как составлены бумаги (договора о материальной ответственности, результаты инвентаризации и т.п.), сможете ли Вы доказать факт своей непричастности к недостаче и то, что вам как работнику работодателем не созданы условия, необходимые для нормальной работы и обеспечения полной сохранности вверенного ему имущества.
Считаю, что нужно уволиться по собственному желанию, так как работодатель может уволить за недоверие, которое можно будет оспаривать, но запись в трудовой все же останется. Не уволить работодатель не вправе, по истечении двухнедельного срока после подачи заявления он обязан вас уволить и выдать трудовую книжку.
А вот идти на «мировую», а именно платить недостачу не надо. Пусть работодатель подает в суд и доказывает вашу вину.