Какие налоги в этом случае буду должен оплачивать я как физлицо?

Здравствуйте!

Физическое лицо может сдавать в аренду имущество (в том числе и нежилое помещение) юридическому лицу, если данное помещение принадлежит ему на праве собственности. 

При этом действительно организация  выступает в роли налогового агента и с суммы арендной платы должна начислить, удержать и отчитаться за физ. лицо по НДФЛ. (обязательно пропишите это в договре). Если организация НДФЛ по каким-либо причинам не удержала, то по итогу года физ. лицо должно самостоятельно рассчитать, уплатить НДФЛ и сдать декларацию по этому налогу. По общему правилу налог на имущество уплачивается в том числе и с нежилых помещений физическим лицом, на которое оформлено право собственности на это имущество. 

Здравствуйте, Вера! Если у Вас не будет ИП на УСН, то придется платить НДФЛ и декларировать этот доход, т.к. у Вас возникает налоговая база по уплате налога (ст.210 НК РФ). При этом если арендатор выступает налоговым агентом (ст.24 НК РФ), то пропишите это в договоре. Но лучше самостоятельно декларировать и уплачивать налог, чтобы не рисковать неуплатой НДФЛ, вернее неудержанием его налоговым агентом. Срок представления декларации согласно ст.229 НК РФ — до 30 апреля следующего года.

Так что Вам стоит в срок до 30 апреля следующего за годом получения дохода подавать декларацию по форме 3-НДФЛ, а также уплачивать налог до 15 июля того же года. Если срок выпадает на выходной или нерабочий праздничный день, то переносится на ближайший рабочий.