Но работодатель отказался их выплачивать, так как я брал отпуск на межвахте, и они отказываются учитывать эти часы ссылаясь на какой-то закон, какой не уточняет

Добрый день!

Переработки на вахте суммируются. Они формируют дни междувахтового отдыха — выходные дни, которые оплачиваются в размере не менее дневной тарифной ставки  согласно ст. 301 ТК РФ.

Соотношение:

8 часов переработки = 1 день междувахтового отдыха.

Часы, которые не кратные полному рабочему дню, могут накапливаться в течение года и потом использоваться для расчета дополнительных дней междувахтового отдыха.

Чем регулируется:

ТК РФ Статья 301. Режимы труда и отдыха при работе вахтовым методом

Рабочее время и время отдыха в пределах учетного периода регламентируются графиком работы на вахте, который утверждается работодателем с учетом мнения выборного органа первичной профсоюзной организации в порядке, установленном статьей 372 настоящего Кодекса для принятия локальных нормативных актов, и доводится до сведения работников не позднее чем за два месяца до введения его в действие.

 
В указанном графике предусматривается время, необходимое для доставки работников на вахту и обратно. Дни нахождения в пути к месту работы и обратно в рабочее время не включаются и могут приходиться на дни междувахтового отдыха.

 
Каждый день отдыха в связи с переработкой рабочего времени в пределах графика работы на вахте (день междувахтового отдыха) оплачивается в размере дневной тарифной ставки, дневной ставки (части оклада (должностного оклада) за день работы), если более высокая оплата не установлена коллективным договором, локальным нормативным актом или трудовым договором.

Часы переработки рабочего времени в пределах графика работы на вахте, не кратные целому рабочему дню, могут накапливаться в течение календарного года и суммироваться до целых рабочих дней с последующим предоставлением дополнительных дней междувахтового отдыха.

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/136a9c61f5061978ed0364b5f4d14f5bafdd31b6/

Постановление Госкомтруда СССР, Секретариата ВЦСПС, Минздрава СССР от 31.12.1987 N 794/33-82 (ред. от 17.01.1990, с изм. от 19.02.2003) «Об утверждении Основных положений о вахтовом методе организации работ»

4. Режим труда и отдыха, учет рабочего времени.

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_7253/a4150b02edca160ee76a50b1f994342bf94d1260/#dst100064

Саркис, здравствуйте. 
Работодатель обязан вести учет рабочего времени и времени отдыха каждого работника, работающего вахтовым методом, по месяцам и за весь учетный период согласно абзацу 3 статьи 300 ТК РФ. При вахтовом методе работы устанавливается суммированный учетрабочего времени за месяц, квартал или иной более длительный период, но не более чем за один год согласно абзацу 1 статьи 300 ТК РФ. Учетный период охватывает все рабочее время, время в пути от места нахождения работодателя или от пункта сбора до места выполнения работы и обратно, а также время отдыха, приходящееся на данный календарный отрезок времени согласно абзацу 2 статьи 300 ТК РФ.

Рабочее время и время отдыха в пределах учетного периода регламентируются графиком работы на вахте, который утверждается работодателем с учетом мнения выборного органа первичной профсоюзной организации в порядке, установленном статьей 372 настоящего Кодекса для принятия локальных нормативных актов, и доводится до сведения работников не позднее чем за два месяца до введения его в действие согласно абзацу 1 статьи 301 ТК РФ. В указанном графике предусматривается время, необходимое для доставки работников на вахту и обратно. Дни нахождения в пути к месту работы и обратно в рабочее время не включаются и могут приходиться на дни междувахтового отдыха согласно абзацу 2 статьи 301 ТК РФ. 
Переработка должна быть оплачена, так как согласно абзацу 3 статьи 301 ТК РФ

Каждый день отдыха в связи с переработкой рабочего времени в пределах графика работы на вахте (день междувахтового отдыха) оплачивается в размере дневной тарифной ставки, дневной ставки (части оклада (должностного оклада) за день работы), если более высокая оплата не установлена коллективным договором, локальным нормативным актом или трудовым договором.

Вам могут быть предоставлены дополнительные дни между вахтового отдыха согласно абзацу 4 статьи 301 ТК РФ

Часы переработки рабочего времени в пределах графика работы на вахте, не кратные целому рабочему дню, могут накапливаться в течение календарного года и суммироваться до целых рабочих дней с последующим предоставлением дополнительных дней междувахтового отдыха.

Во время отдыха, т.е. время, в течение которого работник свободен от исполнения трудовых обязанностей и которое он может использовать по своему усмотрению согласно статье 106 ТК РФ, включаются отпуска согласно статье 107 ТК РФ. Оплачиваемый отпуск должен предоставляться работнику ежегодно согласно части 1 статьи 122 ТК РФ. 
В стаж работы, дающий право на ежегодный основной оплачиваемый отпуск, включаются согласно части 1 статьи 121 ТК РФ:

время фактической работы;

время, когда работник фактически не работал, но за ним в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, коллективным договором, соглашениями, локальными нормативными актами, трудовым договором сохранялось место работы (должность), в том числе время ежегодного оплачиваемого отпуска, нерабочие праздничные дни, выходные дни и другие предоставляемые работнику дни отдыха; 

время вынужденного прогула при незаконном увольнении или отстранении от работы и последующем восстановлении на прежней работе; 

период отстранения от работы работника, не прошедшего обязательный медицинский осмотр не по своей вине; 

время предоставляемых по просьбе работника отпусков без сохранения заработной платы, не превышающее 14 календарных дней в течение рабочего года; 

период приостановления трудового договора в соответствии со статьей 351.7 настоящего Кодекса.

Здравствуйте Саркис.

… За год у меня вышла переработка и не маленькая. Но работодатель отказался их выплачивать, так как я брал отпуск на межвахте, и они отказываются учитывать эти часы ссылаясь на какой-то закон, какой не уточняет. Законно ли это или нет?

Трудовым законодательством РФ определен  отдельный порядок, в рамках которого производится компенсация переработок при вахтовом режиме работы, все часы переработки не использованные для отдыха в течение вахты суммируются. и каждые 8 часов переработки дают право работнику на дополнительный день отдыха в период между вахтами, при чем эти дни отдыха являются оплачиваемыми.

ТК РФ Статья 301. Режимы труда и отдыха при работе вахтовым методом. можете ознакомиться полностью по следующей ссылке:https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/136a9c61f5061978ed0364b5f4d14f5bafdd31b6/

Из статьи следует:

Каждый день отдыха в связи с переработкой рабочего времени в пределах графика работы на вахте (день междувахтового отдыха) оплачивается в размере дневной тарифной ставки, дневной ставки (части оклада (должностного оклада) за день работы), если более высокая оплата не установлена коллективным договором, локальным нормативным актом или трудовым договором.

Часы переработки рабочего времени в пределах графика работы на вахте, не кратные целому рабочему дню, могут накапливаться в течение календарного года и суммироваться до целых рабочих дней с последующим предоставлением дополнительных дней междувахтового отдыха.

С дополнительными разъяснениями органов прокуратуры, можете ознакомиться по следующей официальной ссылке:

Прокурор разъясняет
Особенности организации труда, осуществляемого вахтовым методом-https://epp.genproc.gov.ru/web/proc_27/activity/legal-education/explain?item=88062577

и здесь:https://www.kdelo.ru/qa/124399-qqkss4-15-m10-kak-pravilno-vahtovikam-oplachivaetsya-pererabotka

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.