Как сельхозпроизводитель, УСН 6% с НДС

Реализация ИП, признаваемым налогоплательщиком НДС, нежилого недвижимого имущества подлежит налогообложению НДС в случае, если указанное имущество использовалось для предпринимательской деятельности, осуществляемой физическим лицом в качестве ИП.
В случае если указанное имущество не использовалось для предпринимательской деятельности, осуществляемой физическим лицом в качестве ИП, то при его реализации НДС не исчисляется, поскольку на основании статьи 143 НК РФ физические лица при реализации товаров (работ, услуг) в рамках непредпринимательской деятельности налогоплательщиками НДС не признаются. Позиция изложена в официальных письмах ведомствах, например, в письме Минфина России от 27.10.2020 № 03-07-14/93459.
В части УСН и ЕСХН – указанные режимы не применяются одновременно, вам следует уточнить информацию.
При этом также вам нужно доказывать, что налог по УСН и НДС начислен неправомерно (в связи с продажей нежилого помещения, используемого в предпринимательской деятельности). Вы не должны использовать нежилое помещение в предпринимательской деятельности, не получать за него арендную плату. Возможно, у налогового органа имеются каки-то факты (вы сами указываете на наличие договора аренды в качестве ИП). Следует представить доказательства, подтверждающие приобретение спорного имущества с целью удовлетворения личных, семейных и иных, не связанных с предпринимательской деятельностью потребностей (подумайте, как можно это сделать). 
Рада ответить на Ваш вопрос!
Буду благодарна за Ваш положительный отзыв (+), так смогу оставаться на связи с Вами и иными участниками диалога и уточнить дополнительные моменты
С уважением, Екатерина