Может ли работадатель написать на меня заявление о мошенничестве, если в итоге сумму начисленных баллов они удержали с моей зарплаты, то есть деньги вернулись в компанию?

Здравствуйте!
 Никому не запрещено подать заявление. Вопрос в том, какая ответственность после этого наступит или не наступит.

Любой человек, который считает, что в отношении него совершены противоправные действия, либо он знает информацию о совершаемых преступлениях, имеет право обратиться в полицию. 
Согласно ст. 141 УПК РФ, заявление составляется в произвольной форме и может быть подано устно (по телефону),  или письменно. Дежурный обязан его зарегистрировать.
В полиции обязаны будут провести проверку и принять по ее результатам решение: возбудить уголовное дело, либо  отказать в возбуждении уголовного дела или о передаче по подследственности в другой правоохранительный орган, в мировой суд или материал проверки может быть отправлен по подследственности.  
Так же может быть приято решение о привлечении виновных к административной ответственности. 

Вы можете обратиться ко мне в чат, для подробной приватной расширенной консультации на платной основе.
Надеюсь, мой ответ поможет Вам лучше разобраться в сложившейся ситуации.
Если я Вам уже помог, отблагодарить  можно здесь pravoved.ru/lawyer/1491047/