Только вот участвует вся Россия, а я три года влаживала в магазин а они не могут сказать ответ как и что будет Подскажите пожалуйста как в таких ситуациях быть

Здравствуйте вы сказали что есть магазин ИП.

По какому филиалу? Вы указали, что с Москвы.

У ИП нет филиалов это возможно у ООО например.

Поэтому для более точного ответа нужно понимание какое отношение имеет ИП и к какому филиалу.

Вы указали, что терминал оформлен на другую фирму.

О каком терминале речь?

Терминал об оплате?

Если да, тогла вся выручка проходила не через ИП а через ту компанию, на которую оформлен терминал.

Директор чего находится по месту?

По какому месту? Где?

Кому не дают лицензию? ИП? Отказ есть официальный? 

Потому что фиксируется две фирмы но у фирмы один держатель

Какие две фирмы?

ИП это не фирма.

Кто один держатель?

Вы спросили

Пожскажите пожалуйста как мне поступить?

А какую цель вы хотите достичь?

Вы кем и у кого работаете?

Вы устроены в ИП как работник или в ООО?

Вы не указали в своём вопросе.

2)

Вы сказали что взяли магазин в аренду.

С кем заключен договор? С вами, с ИП или с ООО?

сейчас они говорят что те что были они уехали в отпуск, нас назначили и теперь мы все магазины и помещение ставим на аукцион кто победит тот и будет.

Кто они?

Если есть договор то на аукцион не могут поставить.

Для более точного ответа надо смотреть ваш договор аренды.

я три года влаживала в магазин

Что вы вложили? И куда? Вы деньги отдали ООО? Или ИП? Или вы наёмный сотрудник?

Для более точного понимания надо знать куда и кому и что вы вложили.

Если вы деньги вложили в ИП или ООО то по какому договору? 

Желательно его посмотреть.

См

Федеральный закон от 08.02.1998 N 14-ФЗ

Федеральный закон «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» от 08.08.2001 N 129-ФЗ

ГК РФ Статья 606