Складские помещения на участке?

Андрей, доброе утро

а) Покупка коттеджа руководителем и сдача организации

Возможно, но есть налоговые и юридические риски:

Налог на доходы (НДФЛ 13%) – руководитель как физлицо будет платить налог с арендных платежей (обязан, по крайне мере)).
Налог на имущество – коттедж будет облагаться по ставке для физлиц (обычно ниже, чем для юрлиц).
Риск признания сделки притворной – если налоговая решит, что имущество фактически принадлежит компании, могут доначислить налоги (ст. 170.1 НК РФ).
Вычет НДС – организация не сможет принять к вычету НДС, так как физлицо не является плательщиком НДС.

1б) Покупка через подконтрольное ИП и сдача организации
Возможно, но тоже с рисками:

Налоги ИП – зависит от системы налогообложения:

УСН 6% (доходы) или 15% (доходы-расходы) – аренда облагается по этой ставке.
НДС – если ИП на ОСНО, то 20% НДС, но организация сможет его принять к вычету.
Контроль налоговой – если ИП создано только для аренды и не ведет реальной деятельности, могут признать схемой (ст. 54.1 НК РФ).
Выгоднее, чем вариант с физлицом – но нужно считать экономику.

 
2) Коммерческое использование ИЖС (офис + склад)
  Да, но с ограничениями:

Законность – ИЖС предназначено для проживания, но не запрещает использование под офис, хранение товаров (если нет производства, розничной торговли, общепита).
Риски:

Местные власти могут признать использование нецелевым (ст. 222 ГК РФ, ст. 8.8 КоАП – штраф 0,5–1% от кадастровой стоимости).
Если складская деятельность активная (грузовики, клиенты), могут потребовать перевести землю в коммерческую категорию (например, «земли населенных пунктов»).
3) Строительство дополнительных складских помещений
Возможно, но нужно согласование:

На ИЖС – можно строить вспомогательные хозпостройки (гаражи, сараи), но капитальные склады могут потребовать изменения ВРИ.
Требования:

Соблюдать градостроительные нормы (отступы от границ, высота).
Если площадь > 50 м² или есть фундамент – может потребоваться разрешение на строительство.
После постройки – оформление в Росреестре (иначе нельзя продать/заложить).

Нужны разъяснения — обращайтесь)