Какая судебная практика в этом вопросе?

Здравствуйте, Юлия!
К сожалению, правовые возможности оспорить отказ в включении вас в НИС очень ограничены: законодательно установлен жёсткий «отсечный» критерий, и военная судебная практика его последовательно подтверждает.

 
1. Откуда взялось основание для отказа
С 1 января 2005 г. действует Федеральный закон № 117-ФЗ «О накопительно-ипотечной системе…» (далее – Закон 117-ФЗ). Пункт 9 Правил формирования и учёта накоплений, утв. Постановлением Правительства РФ № 655 от 07.11.2005, гласит:

«Военнослужащие, стаж военной службы которых на 1 января 2005 г. превышает 3 года, в накопительно-ипотечную систему не включаются.» 
Вы поступили на службу по первому контракту в 2000 г. и к 1 января 2005 уже имели выслугу 3 года 9 месяцев. Значит, формально вы подпадаете под этот запрет.

 
2. Что говорит Верховный Суд РФ
– Определение Судебной коллегии по делам военнослужащих ВС РФ № ВКАПИ20-21 от 23.12.2020: суд отказал в признании недействующим п. 9 Правил формирования накоплений, подтвердив, что «отсечная дата» и выслуга «более 3 лет» применяются без исключений к любой категории военнослужащих, независимо от того, продолжили ли они службу после 2005 г. 
– Аналогичные выводы содержатся в обзорном материале ВС РФ по практике военных судов: «…военные суды в основном правильно применяют положения законодательства РФ по вопросам реализации прав на участие в НИС… пунк­т 9 Правил формирования накоплений … основание для отказа не подлежит пересмотру». 

Поэтому жалобы на то, что «выслуга была учтена неправильно», суды отклоняют: законодательство фиксирует именно ситуацию на 1 января 2005, и более поздние события (новые контракты, присвоение званий и общий стаж) на права заявителей не влияют.

 
3. Судебная практика по оспариванию отказов
Встречаются единичные дела, где военнослужащие пытались:

доказывать, что служба до 2005 г. не учитывается в расчёте первоначальной «выслуги»;
ссылаться на несправедливость «заморозки» накоплений, если после 2005 продолжили службу.
Но ВС РФ в своих определениях постоянно отклонял такие аргументы. Ни одно кассационное или надзорное решение не изменило правовой позиции о «трёхлетнем пороге» на 1 января 2005. 

 
4. Что можно предпринять
Перепроверить отказ — он должен ссылаться именно на п. 9 Правил № 655 и Закон 117-ФЗ.
Подать административную жалобу (или апелляцию) в гарнизонный военный суд не позднее 10 дней с получения отказа. Но по практике военных судов она будет отклонена.
Подать кассацию в окружной военный суд (ещё 10 дней с даты апелляции). Но даже кассация ВС РФ по таким делам возвращает дело в суд низшей инстанции без изменения выводов.
В реальности добиться включения в НИС через суд не получается: законодательство и практика Верховного Суда РФ работают «в одну сторону».

 
5. Альтернативные пути решения жилищного вопроса
Поскольку прямой вход в НИС для вас закрыт, имеет смысл рассмотреть другие механизмы:

Социальная ипотека для ветеранов боевых действий (ФЗ № 76-ФЗ от 27.05.1998, ст. 15) — вы как вдова военнослужащего, погибшего на СВО, можете претендовать на жилплощадь в порядке первоочередного обеспечения.
Жилищная субсидия Министерства обороны — компенсация части стоимости жилья при заключении коммерческого ипотечного кредита.
Льготная ипотека по целевой программе Минобороны — в рамках договоров с банками-партнёрами для действующих и уволенных по выслуге военнослужащих.
Каждый из этих вариантов имеет свои требования и очередь, но фактически даёт шанс получить жильё вне НИС.