13, то штраф будет 20% или 100%?

Кирилл, здравствуйте
Исходя из той информации, что вы предоставили, предположу, что налоговый орган мог усмотреть наличие признаков осуществления предпринимательской деятельности без уплаты налогов. В таком случае могут открыть выездную налоговую проверку в отношении этой деятельности за последние три года и наложить штрафы по статье 122 НК РФ, применить к этим операциям общую систему налогообложения.
Вы не указали момент регистрации вас в качестве самозанятого. Полагаю, что ранее постановки на учет в качестве самозанятого, при наличии фактов невыдачи чеков, к ответственности по статье 129.13 НК РФ не смогут привлечь, не будет оснований. Поскольку этот льготный режим можно применять по факту регистрации. Возможно, у вас виды деятельности, которые не подпадают под НПД (поэтому и запросили данные по вашим операциям).
Ответственность по статье 122 НК РФ отдельно не применяется, она идет в дополнении к доначисленным налогам и пени. То есть, сначала установят неуплату налога, доначислят и уже дополнительно применят штраф по этой статье.
При необходимости дополнительной консультации, помощи в подготовке документов, Вы можете обращаться в личный чат. 
Рада ответить на Ваш вопрос!
С уважением, Екатерина