Можно ли подать, если прошло более 3 месяцев с момента нарушения?

Да, вы можете подать заявление в трудовую инспекцию и, скорее всего, сможете это сделать даже если прошло более 3 месяцев. Привлечение к работе в выходной день без вашего согласия или без обеспечения надлежащей компенсации является нарушением Трудового кодекса.  
Нарушение трудового законодательства:
В вашей ситуации работодатель нарушает ваши права, установленные Трудовым кодексом. Работа в выходной день, который не предусмотрен графиком работы, должна быть обусловлена особыми обстоятельствами и согласована с сотрудником, а также надлежащим образом оплачена.
Право на защиту:
Вы имеете право на защиту своих прав, и трудовая инспекция является компетентным органом для рассмотрения таких жалоб.
Подавать заявление, несмотря на срок:
Хотя существуют сроки исковой давности для отдельных категорий нарушений, это не распространяется на случаи нарушения трудовых прав. Вы можете обратиться в инспекцию труда в любое время, если считаете, что ваши права нарушены, особенно если у вас есть доказательства.
Доказательства:
Ваше заявление должно сопровождаться доказательствами нарушения, такими как график работы, приказы о работе в выходной день, записи о вашей работе в воскресенье и любые другие документы, подтверждающие нарушение.
Что будет после подачи заявления:
Трудовая инспекция рассмотрит ваше заявление, проведет проверку и, если нарушение подтвердится, примет меры в отношении работодателя.  
Важно: В вашей ситуации важно не только подать заявление, но и сохранить все доказательства и документы, которые подтверждают нарушение трудового законодательства