Здравствуйте, Ольга!
В соответствии с ч. 1 ст. 1262 ГК РФ программу для ЭВМ (то же, что ПО) действительно можно зарегистрировать в федеральном органе исполнительной власти по интеллектуальной собственности, чтобы ее внесли в Реестр.
Ноу-хау же, исходя из ст. 1465 ГК РФ, государственной регистрации не подлежит. Оно охраняется, пока в отношении него в пределах конкретной организации действует режим конфиденциальности.
На баланс же в качестве НМА можно поставить и то, и другое.
Нам надо предоставить приказ о постановке НМА, карточка НМА для регистрации
Согласно п. 3 Правил, утв. Приказом Минэкономразвития России от 05.04.2016 №211, к заявлению на регистрацию прилагаются
депонируемые материалы, идентифицирующие программу для ЭВМ
Согласно п. 28 Правил, в их число входят
Документы, подтверждающие существенные финансовые, материальные, организационные или иные затраты, потребовавшиеся на создание базы данных, должны содержать описание вида затрат, их конкретные размеры или иные показатели.
Судя по всему, чтобы выполнить это требование, у Вас и запросили документы, подтверждающие постановку НМА на баланс. Вот только это требование применимо именно к базам данных, а не программам для ЭВМ.
Поэтому тут еще нужно прояснить, входит ли какая-либо база данных в состав регистрируемого ПО.
Но если вернуться к первоначальному вопросу, то да, на баланс нужно ставить именно ПО как регистрируемый объект, а не ноу-хау.
По моему мнению значимым является то, что если сведения, которые составляют секрет производства, становятся общеизвестными, у правообладателя прекращается исключительное право на этот объект. В целом способы защиты разные, ноу хау можно защитить введением режима коммерческой тайны, полагаю, что бухгалтер права.